尔云间  一个专门做科研的团队

2、导入需要的R包
library（ggplot2）
library(tidyverse)
library(ggrepel)
library(cowplot)

3、示例数据

4、代码展示
#读取数据
df <- read.csv("easy_input_limma.csv", header = T)
#判断基因上调还是下调
df$group<-case_when(df$log2FC< -1 & df$PValue <0.05 ~"Down",
df$log2FC > 1 & df$PValue <0.05 ~"Up",
df$PValue >= 0.05 ~"no_signf",
abs(df$log2FC)<= 1 ~"no_signf")
#确定上下调基因因子顺序
df$group<-factor(df$group,levels=c("Up","Down","no_signf"))
#画基因标签的候选基因筛选
df1<-filter(df,log2FC>9)
#ggplot2开始绘图
ggplot(data=df,aes(x=log2FC,y=-log10(PValue)))+
geom_point(aes(color=group),
size=4)+
#画水平线
geom_hline(yintercept = -log10(0.05),
linetype="dashed",
color="grey30")+
#画垂直线
geom_vline(xintercept = c(-1,1),
linetype="dashed",
color="grey30")+
#添加基因标签
geom_text_repel(data=df1,
aes(x= log2FC,y= -log10(PValue),label= gene_id))+
scale_color_manual(values = c("#FF9999","#99CC00","grey80"))+
theme_half_open()

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