Nat. Commun. | 基于最优传输的单细胞数据集成统一计算框架
单细胞数据集成可以提供细胞的全面分子视图。然而,如何整合异质性单细胞多组学以及空间分辨的转录组学数据仍然是一个重大挑战。为此,作者提出了uniPort,这是一种结合耦合变分自动编码器(coupled-VAE)和小批量不平衡最优传输(Minibatch-UOT)的统一单细胞数据集成框架。它利用高度可变的通用基因和数据集特异性基因进行集成,以处理数据集之间的异质性,并可扩展到大规模数据集。uniPort 将异质性单细胞多组学数据集嵌入到共享的潜在空间。它还可以进一步构建一个用于跨数据集基因插补的参考图谱。