选项 -h 表示加全氢，不考虑质子化状态
选项 -p <pH> 表示加指定pH的氢
为什么说慎重使用，这个方法加氢可能与专业软件所算的质子化状态不同（例如Schrodinger），
有版权的建议使用其LigPrep模块。
不建议使用obabel转换pdbqt
在使用vina进行虚拟筛选，配体的格式需要转换为pdbqt。
而obabel转换的pdbqt不能用，原子没有带电描述。
建议直接使用prepare_ligand.py脚本循环转换。
在转换格式的工具中，obabel本身很强大，但是很多情况下总是不尽人意。
例如小分子拆分，转换之后并不能以独立的分子名称重命名。RDkit获得分子的属性并输出会更好一点。
在输出pdb格式也是有一定的bug，Biopython处理的会更好一点。
在实验和项目过程中，学会多种工具配合使用。
openbabel 宝石
GEM for ，Geoff Hutchison 和其他人的化学库。
openbabel gem 已经用 ruby 1.9 测试过。 它只能在 POSIX 系统上编译，并且需要已经安装以下内容：
tar、sed、make（无论如何都应该存在）
gem 安装 openbabel
它下载 OpenBabel 源代码。
如果尚未安装，它会编译并安装 OpenBabel 库。
它安装 OpenBabel ruby 绑定。
如果 OpenBabel 尚未安装（参见第 2 步），安装可能会持续很长时间 - 请耐心等待。
查看了解更多信息。
为 Node.js打开 Babel绑定
Open Babel 是一个化学工具箱，旨在讲用 C++ 编写的化学数据的多种语言。 现在你可以在 node.js 中使用 Open Babel 特性了！
合格者搜索
Linux
首先，您应该使用头文件安装openbabel 。
sudo apt-get install libopenbabel-dev
然后你可以使用npm轻松安装这个包
npm install openbabel
使用brew安装openbabel
brew install open-babel
npm install openbabel
查看文档 API了解更多详细信息。
在您的项目中使用openbabel模块。
var ob = require ( 'openbabel' ) ;
读取化学文件
打开通天塔
Open Babel是一个化学工具箱，旨在使用多种语言表达化学数据。 这是一个开放的协作项目，任何人都可以搜索，转换，分析或存储来自分子建模，化学，固态材料，生物化学或相关领域的数据。
即用型程序和完整的程序员工具包
读取，写入和转换90多种化学文件格式
使用SMARTS和其他方法过滤和搜索分子文件
为SMILES，InChI和其他格式生成2D和3D坐标
支持分子建模，化学信息学，生物信息学，有机化学，无机化学，固态材料，核化学...
Open Babel是根据GNU通用公共许可证（GPL）分发的。 该程序是免费软件； 您可以根据自由软件基金会第2版许可发布的GNU通用公共许可的条款，重新分发和/或修改它。 完整的详细信息可以在文件“ COPYING”中找到，该文件应包含在您的发行版中。
有关更多信息，请访问。
桌面上建立一个Work文件夹
从Protein Data Bank 中下载胰岛素（4ins）的PDB文件，并将其保存在“Work”文件夹中
3.将文件输入格式设置为PDB，将文件名设置未下载的PDB文件
4. 将工作文件夹中输出文件格式设置为MOL，并将输出文件名设置为file:4ins.mol。
点击CONVERT即可完成转换
无文件格式的转换
**除了使用输入和输出文件外，还可以将化学文件格式的内容粘贴到输入框中，并在输出框中查看转换结果
以SMILES格式为例（以及SMILE
1为什么创建这个项目
不支持ibrav>0转换pwscf格式。
不支持pwscf格式的输出，这是的Windows GUI 所需要的。 ouputfile * .pw的内容将发送到Windows 7/10上的剪贴板，以在。
不支持xsf格式的输出。
双击add_pwd.vbs将当前目录添加到Windows的PATH 。
3.1量子咖啡相关
g2g a.in/a.pw/a.out [b.xsf] ：将pwscf输入/输出转换为xsf格式，它支持ibrav=0和ibrav>0 。
g2g a.in/a.pw/a.out b.cif ：将pwscf输入/输出转换为cif格式，它支持ibrav=0和ibrav>0 。
g2g a.out b.pw ：将pwscf输出转换为输入格式。
g2g a.o
AutoDock Vina 是一个用于进行分子对接的开源程序，由Molecular Graphics Lab的Oleg Trott博士开发。根据Oleg Trott等人测试结果，与 AutoDock 4 相比，AutoDock Vina 显着提高了结合模式预测的准确度。此外，Vina 可以利用系统上的多个CPU 内核来显着缩短其运行时间。
1. 安装Auto Docking Vina
从http://vina.scripps.edu/download.html Auto Docking Vina下
使用openbabel实现POSCAR文件批量转换为xyz文件openbabel的安装(Anaconda环境)windowslinux(ubuntu)使用python链接openbabel单份文件格式转换多份文件实现批量格式转换
openbabel的安装(Anaconda环境)
将openbabel安装在windows或者linux均可以借助Anaconda进行安装。
windows
一 ：打开终端(即个人电脑命令行窗口)：win+R
二：输入：cmd
即可调出命令行窗口，在此之前需要先在电脑安装好Anac
Open Babel 是一个化学工具箱，旨在讲化学数据的多种语言。这是一个开放的协作项目，允许任何人搜索、转换、分析或存储来自分子建模、化学、固态材料、生物化学或相关领域的数据。
OS ：Redhat 6
gcc 4.4.7 （系统默认版本）
安装依赖库
可以先 跳过 该步骤，后续出现对应的问题再来重新安装
swig 4.0.1 （optional）
由于系统自带的 swig 工具版本太低，在安装时没法正确的识别新语法，故这里需要先安装 swig ，如果你执行 swig -versi
