TS的美梦
生信、科研爱好学习、分享者
浙江大学
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复现Cell图表：pyscenic分析之转录因子二项值热图
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接上一节视频教程的分析结果(pyscenic分析：视频教程)。今天我们复现一篇cell子刊的图表，这篇文章有一副关于转录因子的图表，观察这个图有什么特点呢？第一是热图是二项值热图，只有0，1两个值，我们知道，在R语言版本的SCENIC分析中，最后可以得到二项值热图，那么pyscenic的分析结果中也是可以进行二项值分析并做热图的。第二是热图左侧注释有auc值的注释，热图是按照分组split的，而且两组的celltype分布是对称的。第三则是…
pyscenic分析：视频教程
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我们之前更新过pyscenic的教程：pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新。我们也说过，我们号是放弃R语言版的SCENIC的分析了，因为它比较耗费计算资源和时间，所以我们的单细胞转录因子分析教程都是基于pyscenic的分析进行的。有很多小伙伴反应，自己在实际操作过程中，总是报错，我猜测大多数是软件的问题。有些说想知道整个运行过程是怎么样的，所以我们出了这个视频教程，演示整个pyscenic的流程。当然，我们还介…
复现Nature图表：GSEA分析及可视化包装函数
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这篇帖子主要的目的是写一个转录组GSEA分析和可视化通用的函数。起因是我们想要复现一篇文章的GSEA可视化图片，这个
Nature
文章GSEA可视化挺好的：
（reference：B-cell-specific checkpoint molecules that regulate anti-tumour immunity）
后来干脆一不做二不休，写一个函数吧，有差异分析结果即可，可视化也是一键出结果。算是懒人福音吧。我们此部分一共有两个函数，一个是KS_GSEA，作用是进行转录组数据GSEA分析，提供clust…
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这篇帖子主要的目的是写一个转录组GSEA分析和可视化通用的函数。起因是我们想要复现一篇文章的GSEA可视化图片，这个
Nature
文章GSEA可视化挺好的：
（reference：B-cell-specific checkpoint molecules that regulate anti-tumour immunity）
后来干脆一不做二不休，写一个函数吧，有差异分析结果即可，可视化也是一键出结果。算是懒人福音吧。我们此部分一共有两个函数，一个是KS_GSEA，作用是进行转录组数据GSEA分析，提供clust…
GO、KEGG（批量分组）分析及可视化
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这篇帖子其实是更新、补充、解决一下问题的。我们号写过很多GO、KEGG富集分析的可视化，数不胜数，可以在公众号检索“富集”了解更多。我们演示的时候都是直接提供了富集的结果文件，一般演示为了图方便，也是利用在线工具cytoscape做的。结果一伙伴最近提问有做过GO、KEGG富集的R语言帖子么，突然发现这样的内容还没有正经写过，所以这里补充一下。
1、GO、KEGG分析
首先我们做一下单独的GO、KEGG分析，这里我们使用的是引用很高…
UMAP/TSNE降维图结合细胞比例饼图
生信、科研爱好学习、分享者
最近微信VIP群让复现的内容有点多，有一个小伙伴提供了一篇文献，本来是要复现其中的一个内容的，但是我随意浏览了以下文章，发现了另外一张图，展示的是单细胞降维聚类图上面结合分组细胞比例饼图，这个图很新，复现也是比较简单的，所以先对这个图下手： （
reference：Single-cell Transcriptomic Architecture Unraveling the Complexity of Tumor Heterogeneity in Distal Cholangiocarcinoma
）本来是一个简简单单的小破图…
生信、科研爱好学习、分享者
最近微信群有小伙伴抛出这样一张图，是一个细胞通讯LR气泡图，确切的说应该是Cellchat结果的可视化。我一看这不就是用Cellchat做的嘛。没什么难度，做一下！这个相比于上次我们做的可视化，也是受配体对（
复现Science图表：（cellchat、cellphonedb）细胞通讯受配体配对连线表达图
），难度小巫见大巫了。（
reference：Single-cell atlas reveals a distinct immune profile fostered by T cell-B cell crosstalk in triple neg…