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find . -name \*.md -type f -exec pandoc -o {}.txt {} \;

#!/bin/bash    
newFileSuffix=md # we will make all files into .md
for file in $(ls ~/Sites/filesToMd );
  filename=${file%.html} # remove suffix
  newname=$filename.$newFileSuffix # make the new filename
#  echo "$newname" # uncomment this line to test for your directory, before you break things

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