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本系為國立大學第一個醫學工程學系（2009年成立）, 研究所（1984年成立）已近40年歷史 , 已培養出許多專業與跨域能力兼備的優質人才，在產官學研醫各界擔任重要職務並發揮重要貢獻。

基於醫學工程人才必備的跨領域特質，本系具有醫工跨域訓練的關鍵成功要素：三大工程領域（電子資訊/機械力學/材料化工）與基礎醫學課程設計及師資配比的高度均衡性。

本系得利於鄰近大型建教合作醫院（北榮、振興、亞東…等醫院）與生醫產業聚落（竹北與南港等國家級生醫園區）, 輔以大量科研計劃經費, 形成特有健康福祉科研與產業育成環境。

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