1822年3月15日，由于四个三角形相连组成的国旗制作困难，代理行使国家元首职权的托雷·塔格莱侯爵何塞·贝尔纳多·德·塔格莱下令修改国旗，他提出了一个新的设计，新国旗在保留红白两色的基础上，由自上而下的红、白、红三个横长方形相连组成，中间白色旗面上绘有放射光芒的红色太阳图案；次日，秘鲁发布第22号政府公报，正式公布了这面国旗的样式。

1822年5月31日，由于秘鲁的第二面国旗与西班牙军旗容易混淆，执政的何塞·贝尔纳多·德·塔格莱再次下令修改国旗，把原国旗自上而下相连的横长方形改成从左到右相连的竖长方形，左右两边的竖长方形颜色为红色，居中的竖长方形颜色为白色，白色旗面中央依旧绘有放射光芒的红色太阳图案。

1825年2月25日，秘鲁立宪大会通过了再次修改国旗的法令，同日， 秘鲁总统 西蒙·玻利瓦尔 正式签发法令加以批准，根据该法令，将白色旗面中央的红色太阳图案去掉，改为当年正式通过使用的秘鲁共和国国徽中的盾面图案，并在国徽盾面图案下方增添了交叉环绕的月桂枝和棕榈枝。 ^{秘鲁共和国国旗升旗仪式}

1836年， 玻利维亚总统 安德烈斯·圣克鲁斯 率领军队征服秘鲁，并将秘鲁分为北秘鲁和南秘鲁，秘鲁分裂后，北秘鲁继续使用1825年确立的秘鲁共和国国旗，南秘鲁则使用新的国旗，该旗帜靠旗杆一侧为红色的竖长方形，占整个旗面的三分之一，与红色竖长方形相连的是自上而下相连的两个横长方形，居上的横长方形为绿色，居下的横长方形为白色，红色竖长方形中央绘有太阳图案，太阳上方有四颗五角星图案；之后 玻利维亚 同北秘鲁和南秘鲁共同组成了 秘鲁-玻利维亚邦联 ，秘鲁-玻利维亚邦联成立后，北秘鲁和南秘鲁在采用自己国旗的同时，开始使用秘鲁-玻利维亚邦联国旗，该旗帜旗面底色为红色，旗面中央从左到右依次绘有玻利维亚国徽、南秘鲁国徽和北秘鲁国徽，三国国徽周围环绕着月桂枝和橄榄枝，象征着和平与胜利。

1839年，秘鲁-玻利维亚邦联宣告解体，之后南北秘鲁宣告统一，秘鲁统一后，宣布恢复使用1825年确立的秘鲁共和国国旗，正式宣告停止使用南秘鲁国旗和秘鲁-玻利维亚邦联国旗。

1879年4月，秘鲁及其盟友玻利维亚同智利爆发了 南美太平洋战争 （ 硝石战争 ），1881年1月，秘鲁首都利马被智利军队攻占，其后占领区的傀儡政权在使用秘鲁国旗的同时亦使用 智利共和国国旗 ，而占领区以外的反抗力量则使用战时国旗（军旗）作为象征，1883年10月，秘鲁同智利签订《 安孔条约 》，硝石战争结束，智利军队撤出秘鲁，战争以秘鲁的失败而告终。

1884年，秘鲁政府对国徽进行了样式修改，秘鲁共和国国旗的样式也随之进行了变更。

1950年3月31日，秘鲁总统 曼努埃尔·阿图罗·奥德里亚·阿莫雷蒂 颁布法令，对国旗和国徽的样式再次进行修改，秘鲁共和国国旗随着国徽样式的修改进行了相应的变动。 ^{秘鲁共和国国旗的尺寸和颜色分布}