没有人回答..

这个问题目前算是解决，但可能不是最好的方法。

如果有和我同样疑惑的小伙伴可以参考一下：

$.each(Highcharts.charts, function(idx,item){   
    item && item.destroy();
Highcharts.charts.splice(0,3);

将图表销毁之后，Highcharts.charts=[undefined,undefined,undefined]，通过splice()方法在原数组基础上进行操作得到Highcharts.charts=[ ]。

期待更好的解决方法。