做普通胃肠镜是有些不舒服。比如胃镜会有恶心、干呕、腹胀等不适。肠镜会有腹胀、牵掣痛等。为了减轻不适感，临床会使用局部麻醉药物。只要患者不紧张，好好配合医生，大多数患者是可以耐受的。
如果对疼痛或不适较为敏感，可以选择无痛胃肠镜，全麻下进行胃镜和结肠镜检查，术后从麻醉中恢复过来，避免检查中疼痛不适感。
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