同样不愿占对方便宜希罗拒绝了完成的飞翼高达，他决定以自己的方式完成这场决斗，看着受伤的希罗特洛华在重炮手高达的左手中安装了激光剑，两人这场没有意义的战斗开始了。 特洛华觉得这场战斗根本就没有意义,从他们没能保护卫星开始他们已经失去了战斗的资格，诺茵确认为寻找意义的战斗也是有意义的他们并不是在做无用的斗争；凭借特洛华装置的激光剑继续战斗的希罗和积古斯因为莉莉娜的到来的停止了战斗，但执着的两人却不愿听莉莉娜的话，在莉莉娜恼怒积古斯与希罗的战斗时诺茵告诉了她积古斯就是她哥哥的事实。 调查队终于来到了南极，希罗他们所面对的是上百台艾亚利斯所组成的敌人，为了掩护希罗和莉莉娜积古斯一个人驾驶着多鲁基斯冲向了敌人……

为了获得地球的权利罗菲姆财团向地球发动了“诺巴行动”，以MD比尔哥为中心的机体向地球军和特列斯派的OZ部队发起了进攻，这一行为使得地球和宇宙的战争越发激烈，ZERO、卡托鲁和希罗被OZ俘获了，所幸在特列斯派的帮助下两人逃走了而ZERO则被用于机动木偶的新系统开发。 再次被捕捉的希罗被用于机动木偶新战斗程序的开发，但战斗中的ZERO发出了奇异的光芒，被零式系统迷惑的希罗在基地中发动了无差别攻击，OZ引以为豪的的MD在希罗面前显得极其弱小，与卡托尔战斗的希罗似乎看到了莉莉娜停止了战斗，救出希罗后卡托鲁启动了梅尔库斯的自爆系统他们的目标是莉莉娜所在的地球。 活下来的博士们看着在火海中依然毫发无损的ZERO在庆幸之余似乎在ZERO身上看到了未来的希望。

迪奥驾驶着还未完成的地狱死神袭击了OZ的运输部队，他的目的是完成这台机体；OZ的特尉托兰特为了彻底解析ZERO的零式系统不断进行着战斗实验却被零式系统发动时的幻象所迷惑，实验失败的他迫切希望得到高达驾驶员的战斗数据将目标瞄向了迪奥。 在希尔妲帮助下的迪奥修复工作顺利进行着，但在托兰特的威胁下迪奥不得不进行战斗实验，但在零式的驾驶舱里迪奥看见了敌人的动作甚至看到了他毁灭卫星的幻想，迪奥明白这台机体不是人类能够掌握的东西…… 强行启动零式系统的托兰特消灭了斯巴洛夫的追兵，想要阻止他的迪奥驾驶着地狱死神高达与他展开了战斗，性能上的差异却也抵不过实力上的差距迪奥用盾牌将ZERO推向了宇宙的尽头，并希望永远也不要有人再使用他……

在宇宙的米利亚尔特尔特为了保护莉莉娜在以“积古斯”之名在战斗着，数量众多的机动木偶却不敌积古斯的强大实力纷纷被击破，但积古斯却不满于现状他感觉到拖鲁基斯已经跟不上他的能力了。 受桃乐丝的邀请莉莉娜来到了罗菲姆财团，她以自己的方式阐述了完全和平主义的理念并反驳了迪尔迈尤公爵的刁难，在返回的路上却遭到了机动木偶的袭击在桃乐丝的帮助下才逃过了一难，她忍不住再次失落起来卡托鲁着安慰她一定要振作起来。 罗菲姆财团向特列斯派的总部卢森堡降下了大量MD试图以此为突破口继而向全世界发起进攻，得知这一消息的希罗和积古斯分别赶向降下地点迎击敌人，然而即使是驾驶着飞翼高达的希罗也不敌这庞大数量的机动木偶，这时从通讯中希罗听到了特列斯的声音……

在宇宙中飘荡的特洛华被救援人员回收但却失去了记忆，这时他遇到了到卫星表演的卡塞铃过上了普通人的生活，为了保护特洛华卡塞铃决定隐瞒他失忆的事实。 这时的五飞在完成了双头龙高达后在超老师的帮助下继续训练，超老师告诉五飞要相信自己正义由自己来决定；这时得到消息的OZ袭击了卫星，为了不让五飞有所牵挂超老师按下了卫星的自爆按钮，愤怒的五飞一口气将所有敌人击毁了……寻找同伴的积古斯与五飞战斗起来，但战斗中的积古斯却被零式系统的幻象所玩弄，认定积古斯是敌人的五飞驾驶着双头龙离开了。 诺茵开始集中特列斯和旧联邦的残兵，卡托鲁也为了找回沙漠高达向沙漠进发，希罗却觉得桑古王国根本不值得保护。几乎镇压了全世界的迪尔迈尤公爵开始命令斯巴洛夫建造宇宙战舰“利布拿”（天平座），并准备向桑古王国发起进攻。

战斗持续到了晚上希罗却因为零式系统的作用反而战斗越发激烈，在桑古王国的MD部队完全被艾比安所消灭，寻找敌人的希罗将目标瞄向了前来支援的积古斯，被零式系统所玩弄的两人展开了没有意义的战斗。完全预知了对方行动的零式和艾比安自动停止了战斗，希罗和积古斯也因为疲劳而倒下,无法理解特列斯理念的希罗与积古斯互换了机体，他们所面对的是新一轮的战争。 受到斯巴洛夫压榨的卫星军组成了武装组织“白色獠牙”打算引发一场新的革命，不甘失败的兹巴洛夫启动了月面基地的全部机动木偶基地陷入了混乱中，这时一直寻找敌人的五飞也来到了月面基地破坏了所有的机动战士，斯巴洛夫也死在了混乱中。 投降的莉莉娜受到了迪尔迈优公爵的接待，想利用莉莉娜的公爵将莉莉娜作为财团的代表，思考了一晚的莉莉娜心中新想法答应了这个要求。

由于莉莉娜的出现世界国家正在初现雏形，这时在边境的一个小酒吧里失去战意的米利亚尔特正为自己失去了战斗的理由而迷茫着，这时白色獠牙的首领凯茨找到了米利亚尔特希望能够借助他的力量。 在旅途中卡托鲁等人看透了白色獠牙和OZ之间战斗所产生的悲剧，这时经过OZ部队向他们发起了进攻。特洛华更是冲在最前方，战士的感觉让他迅速击倒了大部份敌人却因为没有了子弹而面临着被击坠的危机，这时卡托鲁引爆了穿梭机挡下了敌人的攻击，逃过一难的卡托鲁和特洛华被路过的迪奥拯救了，他是为了与大家一起战斗赶来的。 为了和平而成为傀儡的莉莉娜没有发现在财团中支持她而声音正在逐渐高涨，在她的个人魅力下财团似乎正准备将迪尔迈优赶出财团；而这时希罗正着手要杀死莉莉娜。

莉莉娜的和平政策下财团中出现了呼吁放下武器的声音，在多萝西的建议下迪尔迈尤向宇宙进发前去掌握宇宙的兵力，没有了迪尔迈优公爵的阻碍在会议上莉莉娜的建议获得了财团的肯定，看到这一幕的希罗也放弃了暗杀离开了。 在宇宙战斗的五飞将目标瞄向了正在建造宇宙战舰的利布拿，战斗中不敌高达的白色獠牙发射了利布拿的光束兵器将双头龙击退了，但同时也破坏了诸多的机动木偶，看到这种行为的五飞更坚定了要破坏白色獠牙的想法。 五飞月白色獠牙战斗的录像被作为地球军的部队而被公布，向巴鲁志进攻的白色獠牙部队更是在战场上破坏了迪尔迈尤公爵所在的穿梭机，凯斯在高喊打到高达和OZ得同时介绍了他们新的领导者——米利亚尔特-匹斯克拉福，他宣布要消灭卫星的敌人——地球。

五名高达驾驶员终于聚到了一起，在高兴之余迪奥却被希罗所带来的零式所惊讶，这时新闻中传来了卫星C421被OZ夺去的消息，失去宇宙基地的OZ打算以此要挟白色獠牙交出利布拿；但米利亚尔特却决心牺牲民众燃起卫星对OZ的怒火。 看到新闻中的凯萨琳特洛华不顾霍华的劝阻驾驶着零式冲向了战场，但被零式系统支配的特洛华将目标瞄准了卫星……在卡托尔的劝阻下振作起来的特洛华恢复了记忆，而卫星中的OZ士兵则被拥有隐形能力的死神高达击溃。 即使是莉莉娜的却说也没有动摇米利亚尔特的决心，利布拿的主炮发射了但目标却是地球！在着毁灭的光芒中地上的一切都被毁灭了，米利亚尔特说这不仅是对人类的警告也是发现特列斯的挑战书，他们接下来要面对的将是这个宇宙中最强的敌人——高达。

即使正面对话莉莉娜依然无法改变米利亚尔特内心的想法，拒绝了多萝西建议的莉莉娜受到了软禁而烦恼，就在五飞等人商量如何破坏利布拿的时候白色獠牙的机动木偶不对已经来到了这片空域中，希罗则展开了自己的秘密行动。 面对敌人的机动木偶高达机师们展开了分散队形各自击破了自己的敌人，但也因为长时间的战斗而疲惫不堪，得到零式提示的希罗委托霍华将零式系统装到了沙漠高达身上；而此时开发了新系统的白色獠牙将机动木偶的指挥系统交给了多萝西。 再次出击的高达小队除了希罗以外都对上了机动木偶部队，分散战斗的高达陷入了苦战中不得已的卡托尔启动了零式系统在他的指挥下机动木偶部队纷纷被高达击破，看到这种情况的多萝西果断下达了发射主炮的命令，但在莎莉的指挥下万年和平号以毫厘之差躲过了攻击……

地球国家集中了数千以宇宙用里奥为主的庞大兵力准备与白色獠牙一绝生死，主帅特列斯更是亲自来到了宇宙决心站在战场的最前线。 潜入利布拿的希罗与莉莉娜见到了米利亚尔特的立体影像，米利亚尔特告诉希罗人类史愚蠢的生物，没有受到切身的伤害他们是不会明白战争的痛苦的二曾今的宇宙领导者“希罗·维”和桑古王国最好的例子；希罗似乎听懂了米利亚尔特话中意思转身与莉莉娜一起离开。 来到利布拿面前的特列斯发出了要与米利亚尔特决斗的要求，但米利亚尔特以自己身为领导者的缘故拒绝的，并在痛苦的脸色中按下利布拿的主炮发射按钮……千钧一发中驾驶着飞翼的蕾蒂·安救下了他，面对着特列斯的疑问蕾蒂·安觉得没有战斗的战争是没有意义的，在特列斯的命令下地球军向利布拿发动了进攻。

失去战意的多萝西任由特洛华破坏了控制室，所有机动木偶都失去了行动能力；另一方面五博士也点燃了万年和平号的引擎开始改变利布拿的移动轨迹。最后的战斗开始了希罗和米利亚尔特在静寂的太空中互相战斗着，这幕影像在莱茵的帮助下传向全世界，看到这悲剧的一幕卫星和世界国家都发出了和平宣言，艾比安和零式的战斗也在这时到达了尾声。利布拿的一部分依然向地球坠落，各位高达机师分别在残骸中破坏着一切，没有了武装的希罗决定用自爆毁灭利布拿的引擎，这时醒悟了的米利亚尔特用光束剑破坏了动力炉消失在火光中。五飞将零式的激光炮交给了希罗，希罗冲向地球在大气层中破坏了残骸，剩余的碎片在摩擦中化为片片流星，在这片流星中A.C.195年和平降临了……