上述代码期望通过Java程序执行如下脚本

/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/sample/nicadRunner

并且传入参数：

/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/ijadataset/bcb_reduced/5

nicadRunner的脚本内容是：

#!/bin/bash
# This tool runner works with the myconfig.cfg nicad configuration file included
# You will need to modify the hard-coded installation below before running
# Test this out on one of the IJaDataset directories (such as 11/) to test and 
# see that clones are detected and output in the correct format for BigCloneEval
# as specified in the readme.
ulimit -s hard
root=`dirname $1`
dir=`basename $1`
path=$root/$dir
# Go to NiCad installation directory
cd /home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/NiCad-5.0/
# Execute NiCad, Suppress Output
./nicad5 functions java "$path" myconfig > /dev/null 2> /dev/null
# Convert Detected Clones Into BigCloneEval Format
java -jar Convert.jar ${path}_functions-blind-abstract-clones/${dir}_functions-blind-abstract-clones-0.30.xml 2> /dev/null
#cat ${path}_functions-blind-abstract-clones/${dir}_functions-blind-abstract-clones-0.30.xml | sed 's$<source file="$$g' | sed 's$" startline="$,$g' | sed 's$" endline="$,$g' | sed 's$" pcid=.*"></source>$$g' | sed 's$<clone nlines=.*$$g' | sed 's$</clone>.*$$g' | sed 's$</clones>$$g' |sed 's$<clones>$$g' | sed 's$<cloneinfo.*$$g' | sed 's$<systeminfo.*$$g' | sed 's$<runinfo.*$$g' | sed '/^$/d' | paste -d ',' - - | sed "s#${path}/##g" | sed 's#/#,#g'
# Cleanup
rm -rf ${path}_functions-blind-abstract-clones > /dev/null 2> /dev/null
rm ${path}_functions-blind-abstract.xml > /dev/null 2> /dev/null
rm ${path}_functions-clones*.log > /dev/null 2> /dev/null
rm ${path}_functions-blind.xml > /dev/null 2> /dev/null
rm ${path}_functions.xml > /dev/null 2> /dev/null
　　ProcessBuilder启动进程并执行，正常的返回值（通过代码中p.waitFor()返回）是0，其余状态都说明进程执行过程报错。
针对"ls"、"bash --help"等使用上面程序执行，都无错误。
但是针对如下进程使用上述程序通过ProcessBuilder启动进程执行却一直报错：
bash -c "/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/sample/nicadRunner" "/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/ijadataset/bcb_reduced/5"
1 问题排查过程
1.1 bash -c的直接使用
首先，直接运行脚本，传入参数。没有任何错误。
其次，加上bash –c以后就会出错。
这是因为必须将"/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/sample/nicadRunner" "/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/ijadataset/bcb_reduced/5"作为整体传递给bash -c，而不是分开。所以如下修改即可：
1.2 通过ProcessBuilder启动进程执行bash -c
问题1：返回127错误码
String cmd="\""+"/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/sample/nicadRunner"+ "\" \"" + "/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/ijadataset/bcb_reduced/5"+"\"";
System.out.println(cmd);
String cmd1="bash";
//String cmd2="--help";
String cmd2="-c";
String [] exec = {cmd1,cmd2,cmd};
ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(exec);
第一，如果将cmd写作
"\"\""+"/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/sample/nicadRunner"+ "\" \"" + "/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/ijadataset/bcb_reduced/5"+"\"\"";
将该字符串打印以后会输出：
""/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/sample/nicadRunner" "/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/ijadataset/bcb_reduced/5""
从表面看，是bash -c能够接受的参数，即是一个整体。
这个时候，bash -c 将“”引号内作为一个整体看待，而不是一个脚本和一个参数，故而会提示127。
但是，对于ProcessBuilder而言，其接收该参数对其处理时，会将其当作最外层还有一层双引号。就变成了
"""/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/sample/nicadRunner" "/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/ijadataset/bcb_reduced/5"""
会报出127错误。
shell的错误码说明是：
因此，找不到nicadRunner脚本的路径。即Path不对。
问题2：返回1错误码
 我们将问题1修正以后，即cmd为
String cmd="\""+"/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/sample/nicadRunner"+ "\" \"" + "/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/BigCloneEval/ijadataset/bcb_reduced/5"+"\"";
此时，执行前述程序后，返回1错误码，即通用错误。
说明nicadRunner脚本运行了，但是没有正确运行。
采取“逐步增加行”的策略。我们运行到./nicad5的那一行时出了错误。
#!/bin/bash
# This tool runner works with the myconfig.cfg nicad configuration file included
# You will need to modify the hard-coded installation below before running
# Test this out on one of the IJaDataset directories (such as 11/) to test and 
# see that clones are detected and output in the correct format for BigCloneEval
# as specified in the readme.
ulimit -s hard
root=`dirname $1`
dir=`basename $1`
path=$root/$dir
# Go to NiCad installation directory
cd /home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/NiCad-5.0/
# Execute NiCad, Suppress Output
./nicad5 functions java "$path" myconfig > /dev/null 2> /dev/null

而直接在客户端的命令行中用nicad命令执行，却没有错误。
在客户端的命令行中运行nicad程序，命令行中的上下文的path是包括FreeTXL路径的，所以命令行nicad没问题。
但是，使用ProcessBuilder启动bash -c 运行nicadRunner脚本，脚本中再调用nicad程序的时候，就找不到FreeTXL路径了！
我的FreeTXL路径设置的比较特殊，是在一个私人文件夹，并且写入的path是~/.bashrc。FreeTXL是nicad工具的依赖包。我安装的时候，相关的路径信息是：
Installing TXL for xiaojie only.
Installing TXL commands into /home/xiaojie/bin
Installing TXL library into /home/xiaojie/txl/lib
Installing TXL manual entries into /home/xiaojie/txl/man/man1
Testing TXL
我在程序中添加代码：
            Map<String, String>env=pb.environment();
            //xiaojie output environment
            Set<String> key=env.keySet();
            for(Iterator<String>it=key.iterator();it.hasNext();) {
                String s=it.next();
                System.out.println(s+":"+env.get(s));
获取了ProcessBuilder启动的命令的上下文，然后查看一下输出
PATH:/home/xiaojie/Desktop/xiaojiework/jdk-8u191-linux-x64/jdk1.8.0_191/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
可以看到，/home/xiaojie/bin不在PATH路径中。
我当时将这个路径写入了一个bashrc文件，所以bash命令行中有该路径！
但是，创建ProcessBuilder时，读取的上下文，不是从bashrc中读取的。
所以不一致，所以就会导致命令行和程序中的不一样。
调试程序，跟入pb.environment();，可以看到：
进一步跟入，发现：
该函数只有一个声明。
初步判断是java.lang.ProcessEnvironment.environ函数。java.lang.ProcessEnvironment是java的一个类，源码被隐藏。可以直接调用。
https://www.ibm.com/developerworks/cn/java/java-random-code-from-the-perspective-of-compilation/。该网页中有Linux环境变量的读取介绍，比较复杂。
https://www.cnblogs.com/sunilsun/p/6071124.html这里是Linux环境变量的介绍。
里面提到：
（1）~/.profile:【推荐】每个用户都可使用该文件输入专用于自己使用的shell信息,当用户登录时,该文件仅仅执行一次!默认情况下,他设置一些环境变量,执行用户的.bashrc文件。这里是推荐放置个人设置的地方
（2）~/.bashrc:该文件包含专用于你的bash shell的bash信息,当登录时以及每次打开新的shell时,该文件被读取。不推荐放到这儿，因为每开一个shell，这个文件会读取一次，效率肯定有影响。
所以，我将路径改为写入~/.profile。重启，然后运行程序。解决。